说起一九五零年台湾那边的情报工作，事情从抓到蔡孝乾开始就一步一步发展起来了。谷正文当时在保密局管侦防这块，他拿到相关线索以后，没有马上大动干戈，而是安排人手对几个目标进行仔细观察。吴石作为国防部的高级人员，他的家庭往来和身边助手都成了注意的对象。通过这些监视工作，慢慢掌握了一些联系情况。到了三月一日那天，吴石在家里被带走，案子正式进入处理阶段。
抓到人以后，审讯工作持续了相当一段时间。谷正文他们用各种方式想从吴石那里得到更多信息，包括接触他的妻子来打开缺口。吴石在整个过程中坚持得比较久，没有轻易松口。同期被牵连的还有朱谌之、陈宝仓和聂曦这些人，他们也一起接受审讯。案子经过军法程序处理，最后在六月十日这天，涉案人员在马场町刑场被处决。谷正文负责这个案子的侦办工作，事情办完以后他在系统里继续做事，还参与了其他情报行动，比如克什米尔公主号相关的事。
时间过了好几十年，谷正文到了晚年，住在台北和平东路的一处老房子里。他的生活方式有些特别，家里安了不少防盗装置，夜里睡不好觉，经常惊醒喊名字。那个吴石案子成了他反复提起的事。二零零四年左右接受日本NHK电视台采访的时候，他面对镜头停顿了很久，才开口说吴石案是他这辈子最重的包袱。他还说自己当时处理时没想到吴石坚持那么久，在一份手写材料里只写了几个字后面留了好几页空白。
谷正文继续在老房子里过日子，对过去的事念念不忘。他和家里人的关系也比较疏远，走的时候身边只有养女一个人。二零零七年一月二十五日，他在荣民总医院去世。吴石那一边，一九七三年被追认为烈士，历史对他的评价也慢慢清晰起来。
这个案子从线索出现到处理结束，谷正文花了很多精力去跟踪和突破。他先是通过蔡孝乾提供的名单理出头绪，然后针对吴石的司机、副官和妻子分别安排观察点，记录他们的日常活动和接触的人。监视工作做了几周以后，才决定采取行动。逮捕那天晚上，保密局的人直接上门，把吴石带到指定地方。搜查过程也进行了，找到一些物品作为证据。
审讯阶段谷正文亲自参与指挥，用了心理方面的办法，比如让吴石知道妻子那边的情况已经被注意到了。吴石面对这些压力，身体上承受了不小负担，但口风一直很紧。其他被捕的人也类似，朱谌之在被抓以后曾经尝试一些方式结束自己，但被救下来继续审问。整个审讯拖了几个月时间，才进入审判环节。军法会审以后做出判决，六月十日执行枪决的时候，涉案人员一起在刑场面对结局。吴石临走前留下了几句诗词，表达了自己的心境。
谷正文办完这个大案子，职位上有了提升，但他自己后来在回忆材料里写到这个案子和其他案子不一样。吴石的身份是中将参谋次长，掌握不少军事情报，案子破了以后对当时台湾的稳定有一定作用。谷正文继续负责类似侦办工作，处理了好几起相关事情。他的工作风格就是这样，注重线索的连贯性和突破点的选择。
到了晚年，他把很多经历写成材料，包括对吴石案的补充说明。他在那些文字里提到，自己当时以为通过家人和日常监视就能完全控制局面，结果吴石的表现超出预期。这让他在多年以后还是放不下。采访中他那句话说得挺直接，没有拐弯抹角。家里安防盗装置的习惯，也是从那时候开始一直保持，到最后都没改。
他去世以后，吴石的案子在不同地方有了新的记录。一九七三年吴石被正式追认为烈士，这件事也让一些历史细节重新被提起。谷正文的一生从早年到晚年，都和情报工作绑在一起，吴石案成了其中最让他念叨的部分。晚年生活他基本不怎么出门，周围人知道他过去经历的也不多。养女陪着走完最后一段路，死亡证明上亲属栏就她一个人签名。
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